用人话总结就是，一个是服务器的路径，一个是部署文件的路径下的文件夹
而且，如果你把目录放在tomcat的安装目录下，就应该用第二个选项，如果你用了第三个选项，选择了tomcat的安装目录，那么他会提示你Only the "Use Tomcate installation" selection may set hte server path to the Tomcat installation.意思就是让你算则第二个选项。
在Eclipse下配置server为Tomcat(一般为Tomcat 6.X)，双击server面板中的Tomcat v6.0 Server，出现的Server Locations配置有三个选项：
1. Use workspace metadata (does not modify Tomcat installation);
2. Use Tomcat installation (take control of Tomcat Installation);
3. Use Custom location (does not modify Tomcat installation);
第一个选项表示使用当前workspace的metadata路径，它一般会将输出文件保存至workspace目录下；第二个表示输出文件保存至tomcat安装目录下；第三个没使用过。
但是如果需要修改此配置，需先将tomcat服务下的工程全部移除(remove all)，右键点击 clean命令，最后才能修改此项配置;
除此之外，此选项下面还有两个参数输入框：
1. Server path(即tomcat或者eclipse根目录)
2. Deploy path(工程文件的根目录，tomcat一般为webapps，workspace下一般为wtpwebapps)
PS：一般情况下workspace的子路径为.metadata.pluginsorg.eclipse.wst.server.coretmp0{Deploy path} (其中Deploy path可以自己配置默认的workspace为wtpwebapps)
发布到tomcat中的项目，在系统中部署的路径，
第一个是use workspace metadata，即部署到：你的工作空间.metadata.pluginsorg.eclipse.wst.server.core中；
第二个：tomcat installation，即部署到你的tomcat安装路径下，也就是tomcat目录下的webapps文件夹中；
第三个：custom location，即自定义路径；
在eclipse上面部署web项目后，它没有将你的项目文件放到tomcat 的目录下面。而是放在了你的工作目录下面。
在tomcat上右键选择“stop” 。停止eclipse内的Tomcat服务器
在tomcat上右键选择“Add and Remove”，删除该容器中部署的项目，点击”remove all“，即可移除所有项目，完了”finish“
在tomcat上右键选择“clean”，清除该容器相关数据
在tomcat上右键选择“open”，打开tomcat的修改界面
找到servers location，选择第二个(User tomcat Installation)；修改deploy path为你自己tomcat的webapps[比如D:apache-tomcat-7.0.96webapps] ，最后“ctr+s”保存关闭